Historia szkoły:
luty 1961r. – rozpoczęcie prac budowlanych; rodzice i żołnierze z jednostki wojskowej zrobili pierwsze wykopy pod fundamenty przyszłej szkoły;
kwiecień 1961r. – wmurowanie aktu erekcyjnego, na dokumencie podpisał się m.in. projektant budynku T. Iskierka;
wrzesień 1963r. – uroczyste otwarcie nowego budynku szkoły; była to tzw. „tysiąclatka” od hasła: „Tysiąc szkół na tysiąclecie Państwa Polskiego”;
wrzesień 1963r.- czerwiec 2001r. – funkcjonowanie w budynku Szkoły Podstawowej nr 3 im. Tadeusza Kościuszki; najpierw w systemie ośmioklasowym, po reformie edukacji – sześcioklasowym;
wrzesień 1999r. – utworzenie na podstawie decyzji Rady Miasta Gimnazjum Miejskiego nr 2; jednocześnie radni zdecydowali o likwidacji Szkoły Podstawowej nr 3;
wrzesień 2005r. – uchwała Rady Miasta w sprawie nadania Gimnazjum Miejskiemu nr 2 imienia Jana Pawła II;
maj 2008r. – uroczyste poświęcenie i nadanie Gimnazjum Miejskiemu nr 2 Sztandaru z wizerunkiem Patrona;
wrzesień 2017r. – przekształcenie Gimnazjum Miejskiego nr 2 im. Jana Pawła II w Szkołę Podstawową nr 3 im. Jana Pawła II – na podstawie uchwały Rady Miasta Mińsk Mazowiecki w wyniku reformy oświaty;
